Monestir benedictí (Santa Maria d’Amer). Fundat per l’abat Deodat, al lloc de Sant Medir, veí de Girona, agregat del municipi de Sant Gregori. Inicialment, era dedicat a Sant Medir i Sant Genís. La seva fundació per Carlemany és llegendària.
Obtingué un precepte d’immunitat de Lluís el Piadós i d’altres de Carles el Calb, els anys 844 i 860, d’Odó el 890 i de Carles el Ximple el 922.
L’any 949 havia estat traslladat al lloc actual d’Amer, on fou refet i consagrada una església dedicada a Santa Maria, que ja hi posseïa el monestir.
El monestir s’enfortí al llarg dels segles i adquirí moltes esglésies, dominis i jurisdiccions. Estigué molt vinculat al bisbe de Girona, però mantingué la seva independència durant els segles XI i XII.
El segle XII fou refeta l’església i fundat un priorat a Santa Maria del Coll, a les Guilleries. L’any 1381, el monestir adquirí la plena jurisdicció, civil i criminal, sobre la vila d’Amer, formada entorn del monestir i sobre els llocs veïns.
Els terratrèmols dels anys 1427 i 1428, centrats a Amer, desferen la vila i el monestir, només respectaren part de la seva sòlida església romànica la qual, però, hagué d’ésser consolidada.
L’any 1445 s’uní per poc temps a Sant Pere de Galligants, i l’any 1592 el papa li uní a perpetuïtat el monestir de Santa Maria de Roses. Subsistí fins a l’exclaustració de l’any 1835.
Formà part de la Congregació Claustral Tarraconense des del segle XIII fins al XIX.
