Eren fills de Francesc de Borja i d’Aragó, i germans de Joan de Borja i de Castro.

Carles de Borja i de Castro  (Madrid, 1530 – Castelló de Rugat, Vall d’Albaida, 1592)  Virrei de Portugal (1583). Es casà amb Magdalena de Centelles-Riu-sec i de Cardona. Per renúncia del seu pare heretà els títols de duc de Gandia i marquès de Llombai (1551). Fou ambaixador extraordinari a Gènova (1575-76). A partir del 1585 visqué retirat a Gandia. Martí de Viciana li dedicà la segona part de la seva Crónica de Valencia (1563).

Àlvar de Borja i de Castro  (País Valencià, 1534 – 1580)  Iniciador de la tercera branca de la família, que s’extingí el 1713. Portà, per enllaç matrimonial, el cognom Enríquez de Almansa i els marquesats d’Alcañices i de Santiago de Oropesa.

Francesc de Borja i de Castro  (País Valencià, segle XVI)  Iniciador de la quarta branca dels Borja, la qual s’extingí el 1809. El seu fill natural, Joan de Borja i d’Armendia, s’establí al virregnat del Perú el 1605.